Ахтубинская епархия образована решением Священного синода от 12 марта 2013 г. путём выделения из состава Астраханской епархии. Будучи в составе Астраханской митрополии, сегодня она объединяет приходы в границах Ахтубинского, Енотаевского, Красноярского, Наримановского, Харабалинского и Черноярского районов, а также закрытого административно-территориального образования город Знаменск Астраханской области.
Правящему архиерею Синод постановил иметь титул «Ахтубинский и Енотаевский». Первым владыкой отдельной Ахтубинской епархии был назначен иеромонах Антоний Азизов, который служил в Ахтубинске восемь с половиной лет. По данному случаю он опубликовал на своей странице в социальной сети пост с благодарностью и пожеланиями.
В настоящее время епископом Ахтубинским и Енотаевским является Всеволод (Понич Владимир Александрович).